Notes in V3_Gen, Polymerase, Regulation

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Published	04/14/2024	Wie sind die Gene auf den Chromosmen verteilt?{{c1::nicht uniform oder gleichmäßig, sondern teils in Genclustern angeordnet->repetetive Elemente do…
Published	04/14/2024	LINE ist {{c1::6-8 kbp}} lang und kann bis zu {{c1::850.000}} Kopien aufweisen, SINE ist hingegen {{c2::100-300 bp}} lang und kann {{c2::1.500.000}} K…
Published	04/14/2024	Was bringen Sequenzvergleiche?{{c1::-Erkennung von Polymorphismen-Rückschlüsse auf Evolution-Vergleich von Proteinfunktionen-Vergleich von Proteinzusa…
Published	04/14/2024	Welche Arten von Polymorphismen unterscheidet man?{{c1::1.) single nucleotide polymorphisms (SNPs)->Austausch einzelner Basen (Punktmutationen)2.) …
Published	04/14/2024	Wie ist die genetische Information in der DNA codiert?{{c1::Linearen Anordnung der Nukleotide}}
Published	04/14/2024	Was sind Gene?{{c1::getrennte, funktionelle Einheiten, die jeweils Information enthalten}}
Published	04/14/2024	Was sind Exone?{{c1::enthalten kodierende Sequenzen, werden zur mRNA}}
Published	04/14/2024	Was sind Exone?{{c1::enthalten kodierende Sequenzen, werden zu mRNA}}
Published	04/14/2024	Was sind Introne?{{c1::werden in die hnRNA transkribiert, allerdings wieder durch splicing entfernt (nicht-kodierend)->reguatorischer Natur}}
Published	04/14/2024	Wo liegt der Startpunkt der Transkription?{{c1::Promotor, liegt am Beginn des 1. Exons}}
Published	04/14/2024	Welches Element reguliert die Transkription?{{c1::Regulatorische Sequenzen/ Response Elements (RE) stromaufwärts des Gens}}
Published	04/14/2024	Boundary Elements/ locus control elements sind {{c1::Grenzelemente/-sequenzen}} und dienen der {{c1::Genisolierung}}
Published	04/14/2024	Bestandteile von Protein-kodierenden-Genen:{{c1::Boundary ElementsResponse ElementsPromotorExone/ IntroneRegulatorische Sequenzen (Termination)Boundar…
Published	04/14/2024	Welche Gene enthalten Introne?{{c1::Protein kodierende Gene, long non-coding RNAs (lncRNA)}}
Published	04/14/2024	Was passiert während der Transkription mit der hnRNA?{{c1::Splicing Prozessierung (CAP Stuktur an der 5´-UTRpolyA-Schwanz an der 3´-UTR)}}
Published	04/14/2024	Was ist hnRNA?{{c1::hetero-nukleäre RNA - Zwischenprodukte}}
Published	04/14/2024	Was ist mRNA?{{c1::messenger RNA - PBS}}
Published	04/14/2024	Was ist die miRNA? Was hat sie für eine Funktion?{{c1::micro RNA - Regulation der Stabilität und des "Lesens" der mRNA}}
Published	04/14/2024	Was ist die ncRNA? Welche Aufgabe haben sie?{{c1::non-coding RNA - regulatorisch, epigenetik, chromatin}}
Published	04/14/2024	Was ist die rRNA?{{c1::ribosomale RNA - PBS, Ribosomen}}
Published	04/14/2024	Was ist die snRNA?{{c1::small nuclear RNA - splicing}}
Published	04/14/2024	Was ist die snoRNA?{{c1::small nucleolar RNA - rRNA prozessierung}}
Published	04/14/2024	Was ist die tRNA?{{c1::transfer RNA - PBS}}
Published	04/14/2024	Für was können Gene alles codieren?{{c1::mRNA, aber auch viele regulatorische RNAs}}
Published	04/14/2024	Welche Basenpaare gehen in die Zählung der Gene hinein?{{c1::Promotor bis zum Ende}}
Published	04/14/2024	Transkription, Splicing und Prozessierung finden {{c1::gleichzeit}} statt, daher gibt es viele {{c1::Zwischenprodukte}}
Published	04/14/2024	Wie sieht der RNA-Polymerase II Komplex aus?{{c1::}}
Published	04/14/2024	Der RNA-Polymerase II Komplex ist {{c1::stationär}}, da die DNA {{c1::durch den Komplex}} bewegt wird
Published	04/14/2024	Wie nennt sich der Bereich der DNA-Doppelhelix, der während der Transkription geschmolzen vorliegt?{{c1::Transkriptionsblase/ -auge}}
Published	04/14/2024	Welche Enzyme sorgen für die Entspiralisierung und Neuverdrillung der DNA Doppelhelix während der Transkription?{{c1::Helikasen}}
Published	04/14/2024	Die RNA-Polymerase-II synthetisiert in {{c1::5´-3'}}-Richtung
Published	04/14/2024	Der codierende Strang wird auch als {{c1:: Nichtmatrizenstrang}} bezeichnet, er wird {{c1::codiert}}, aber nicht {{c1::transkribiert}}
Published	04/14/2024	Der nicht-codierende Strang wird auch {{c1::Matrizenstrang}} genannt, er wird {{c1::transkribiert}}, aber nicht {{c1::codiert}}
Published	04/14/2024	Was entsteht kurzweilig im Transkriptionsauge?{{c1::ein RNA-DNA-Hybrid}}
Published	04/14/2024	Was passiert mit der DNA topologisch während/ nach der Transkription?{{c1::Es bilden sich positive/negative supercoils}}
Published	04/14/2024	Was sind positive supercoils?{{c1::rechts-händige aufspiralisierte doppelsträngige DNA->Barriere für die Polymerase->Chaperone und Remodeling-Ko…
Published	04/14/2024	Negative supercoils {{c1::destabilisiert dsDNA}}, sodass {{c1::einzelsträngige, unstabile}} Regionen entstehen können. Damit steigt das {{c1::Mutation…
Published	04/14/2024	Welche Enzyme beheben die topologischen Verdrillungen nach der Transkription?{{c1::Topoisomerasen}}
Published	04/14/2024	Was macht Topoisomerase 2?{{c1::Auftrennen eines Doppelstrangs->Entwirrung und Anschließende Legierung des Doppelstrangs}}
Published	04/14/2024	Warum synthetisieren die RNA-Polymerase II Komplexe in 5´-3´ Richtung?{{c1::an das 3´-Ende der Ribose wird ein neues Nukleotid angehangen}}
Published	04/14/2024	Welche RNA-Polymerase Komplexe unterscheidet man?{{c1::I, II, III - unterschiedliche Promotoren, unterschiedliche Aktivierung}}
Published	04/14/2024	Wie kann die Transkription inhibiert werden?{{c1::Blockierung der RNA-Polymerasen}}
Published	04/14/2024	Was ist notwendig, um ein Gen abzulesen? Welche Voraussetzungen muss man beachten?{{c1::DNA ist nicht nackt--> im Komplex mit ProteinenNukleosomen …
Published	04/14/2024	Was ist der Core Promotor? Was gibt der Promotor vor? Welche Funktion hat der Core Promoter nicht?{{c1::Startpunkt der Polymerase -> indiziert Rich…
Published	04/14/2024	Was sind die regulatorischen Elemente?Was geschieht dort? Wo liegen sie?{{c1::Bindungsort für spezifische Transkriptionsfaktoren->können viele taus…
Published	04/14/2024	Die Sequenz-spezifische DNA-Bindung kann stattfinden, da jede DNA-Sequenz {{c1:: eine eigene chemische "Signatur"}} hat, die durch die {{c1::funktiona…
Published	04/14/2024	Bei der Sequenz-spezifischen DNA-Bindung werden die {{c1::chemischen Oberflächen / Signaturen}} bestimmter DNA-Sequenzen durch {{c1::Proteine}} erkann…
Published	04/14/2024	Die Seitenkettem von Aminosäuren der {{c1::alpha helices}} bilden insbesondere {{c1::H-BBs}} mit {{c1::Basen}} der DNA, dies findet meistens in der {{…
Published	04/14/2024	Warum benötigt man mehre DNA-Bindungsdomänen, damit ein Protein mit der DNA interagieren kann?{{c1::Eine einzige Domäne erkennt zu wenige Sequenzen -&…
Published	04/14/2024	Wie kann die Transkription im Zuge der RNA-Pol II Aktivität reguliert werden? (neben der Phosphorylierung bzw. Aktivierung){{c1:: 1.) Veränderung der …
Published	04/14/2024	Wie sind Nucleosomen aufgebaut?{{c1::147 bp DNA, 2x um das Core Histone gewickeltCore histone :2xH2A2xH2B2xH32xH4}}
Published	04/14/2024	Welchen Einfluss haben die Nucleosomen auf die Transkription?{{c1::Können die Bindung von Faktoren und das Ablesen der DNA blockieren}}
Published	04/14/2024	Wie wird die Wechselwirkung zwischen dem TF und dem Pol-Komplex vermittelt?{{c1::Über Kofaktorkomplexe mit enzymatischen Aktivitäten durch Koregulatio…
Published	04/14/2024	Was meint das Nucleosome-remodeling? {{c1::Entfernern, Verschieben oder Modifizieren von Nucleosomen im Zuge der Transkriptionsregulation}}
Published	04/14/2024	Besitzen Transkriptionsfaktoren (TF) enzymatische Aktivität?{{c1::Nein, benötigen Kofaktoren}}
Published	04/14/2024	Was benötigt man zum nucleosom remodeling?{{c1::Proteinkomplexe, die ATP verbrauchen (z.B. SWI/SNF, WSTF, ISWI)}}
Published	04/14/2024	Inwiefern beeinflussen PTM der Histon-tails die Transkription?{{c1::hat Einfluss auf Chromatin-Struktur (Dichte)Protein-Bindungsstellen verfügbar/ unv…
Published	04/14/2024	Welche PTM können bei welchen AS der histone tails durchgeführt werden?K (Lysin) -{{c1::Acetylierung, Methylierung, ...}}R (Arginin)- {{c1::Methylieru…
Published	04/14/2024	Wozu führt die PTM der histoen tails direkt?{{c1::Multiple Modifikationen an bestimmten AminosäurenKompetition unterschiedlicher Enzyme für einzelne A…
Published	04/14/2024	Welche Enzyme sind wichtig für die Modifizierung der histone tails?{{c1::-Histon-Acetyltransferase (HAT) vs. Histon-Deacetylasen (HDAC)-Histon-Methylt…
Published	04/14/2024	Was ist der Histone-Code?{{c1::Abfolge der PTM der histone tails}}
Published	04/14/2024	Wie können PTMs der Histone einander beeinflussen?{{c1::Kompetition oder Kooperation (Bedingung füreinander)}}
Published	04/14/2024	Welche Struktur haben die histone tails?{{c1::free floating -> keine intrinsische Struktur, keine allosterischen oder enzymatischen Effekte}}
Published	04/14/2024	Worüber wirken sich die PTM eines histone tails auf die Transkription auf?{{c1:: chemische Komplementarität + Kombinatorik}}
Published	04/14/2024	Konsequenzen der histone tail Modifikation:{{c1::Bindungstelle für Proteine-Öffnen des Chromatins-Heterochromatisierung-Rekrutierung der Polymerase-Ak…
Published	04/14/2024	Histone Code Reader Proteine {{c2::modifizierte chemische Oberflächen}} der Histone durch {{c2::chemische Komplementarität}} und können {{c1::mehrere …
Published	04/14/2024	{{c1::Kombinatorik von Bindungsstellen}} beeinflusst die {{c2::Stabilität}} von Wechselwirkungen (z.B. bei histone tails)
Published	04/14/2024	Wozu führt die Acetylierung der Lysine der Histone?{{c1:: Chromatin wird offenerZugänglichkeit für TFs und Polymerase wird erhöht (Aufhebung der posit…
Published	04/14/2024	Wie vermitteln die Kofaktoren die WW zwischen Transkriptionsfaktoren und Polymerase II?{{c1::-Veränderung des Chromatins (insb. Promotorregion)-Veränd…
Published	04/14/2024	Welche unterschiedlichen Beschaffenheiten/ Histon-Modifikationen wirken sich stimmulierend auf die Genexpression aus ?{{c1::-Niedrige Chromatindichte-…
Published	04/14/2024	Je mehr {{c2::Transkriptionsfaktoren}} wirken, desto {{c1::höher}} ist die {{c2::Expression}}, sie wirken {{c1::kooperativ}}
Published	04/14/2024	Wie findet die Schrittweise Regulation des Chromatins und des polymerase-Komplexes statt? Welche Einheit wird für den Start benötigt?{{c1::Übergeordne…
Published	04/14/2024	Wofür sind die Core-Promotor-Elemente notwenig?{{c1::für die Positionierung des Polymerase-Komplexes (nicht alle Elemente an jedem Promotor vorhanden)…
Published	04/14/2024	Woraus besteht der Pol-Komplex?{{c1::basale Transkriptionsfaktoren (TF2H und TF2D) mit weiteren TFs}}
Published	04/14/2024	Wie wird die Polymerase an den Promotor rekrutiert?{{c1::Schrittweiser Aufbau des Pol-Komplexes->TFIID mit TBP und TAFs->TFIIB->TFIIE->TFI…
Published	04/14/2024	Wie wird die Polymerase an den Promotor rekrutiert (2)? Welche Funktionen haben die einzelnen Elemente?{{c1::TFIIH=> Basaler Transkriptionsfaktor d…
Published	04/14/2024	Wie wird der Prä-Initiationskomplex (PIC) aktiviert?{{c1::CTD wird durch Kinase-Komplexe phosphoryliert->Zuerst alle Ser5-P->Anschliessend …
Published	04/14/2024	Was ist das CTD?{{c1::C-terminale Domäne der RNA-Polymerase II mit vielen repeats->(Y1 S2 P3 T4 S5 P6 S7)52 }}
Published	04/14/2024	Wozu führt die Phosphorylierung der CTD?{{c1::Sequenzunterschiede erhöhen die Möglichkeit unterschiedlicher Protein-Protein WW}}
Published	04/14/2024	Die {{c1::C-terminale Domäne}} der {{c2::RNA-Polymerase}} kann vielfältig an {{c1::ser2 und ser5}} {{c2::phosphoriyliert}} werden, dies erhöht die Mög…
Published	04/14/2024	Was ist die Aufgabe des CTD der RNA-Polymerase II während es nicht phosphoryliert ist?{{c1::Verhinderung der Genexpression}}
Published	04/14/2024	Was sind die molekularen Schritte, um ein Gen zu transkribieren?{{c1::Bindung sequenzspezifische TF und RE->Aktivierung der TF->Rekrutiereung vo…
Published	04/14/2024	{{c2::CREB}} steht für {{c1::CRE-binding protein}} und bindet an {{c2::CRE}}, dies steht für {{c1::cAMP-response element}}. Es kann durch die {{c2::Pr…
Published	04/14/2024	Ablauf der CREB Aktivierung?{{c1::Bindung zwischen Ligand und Gs-Rezeptor->Aktivierung der Adenylatzyklase-> Umwandlung ATP zu cAMP->Aktivier…
Published	04/14/2024	Worüber und wie genau reguliert die Retinsäure Zelldifferenzierungsprozesse? Welche Strukturen sind beteiligt?{{c1::über die Transkription:RARE bindet…
Published	04/14/2024	Was ist die APL? Was ist der genetische Grund für eine APL?{{c1::Akute promyelocytische Leukämie->reziproke Transloaktion zwischen Chr 15 und 17-&g…
Published	04/14/2024	Was ist das besondere an dem PML-RARalpha-Fusionsgen? Wie wird dies behoben?{{c1::Affine Bindung von Korepressor-Komplex bei physiologischen RA-Konzen…
Published	04/14/2024	Wie entsteht das Fusionsgen PLZF-RARalpha? Wozu führt dies? Was macht eine hohe RA-Konzentration?{{c1::reziproke Translokation zw. Chromosom 11 und 17…
Published	04/14/2024	Zellen müssen {{c1::genetisch}} identisch sein, {{c1::phänotypisch}} aber nicht, da dieser vom {{c2::Genexpressionsmuster}}, {{c2::Signalgradienten}} …
Published	04/14/2024	Welches Enzym katalysiert die Deacetylierung der Lysine der histone tails? Wozu führt dies?{{c1::Histon-Deacetylase (HDAC) ->Rückgewinnung der posi…
Published	04/14/2024	Welches Enzym katalysiert die Acetylierung der Lysine der histone tails? Wozu führt dies?{{c1::Histon-Acetyltransferase (HAT) -> Aufhebung der posi…
Published	04/14/2024	Welches Enzym katalysiert die Demethylierung der Lysine  der histone tails?{{c1::Histon-Demethylase (HDM)}}
Published	04/14/2024	Was ist ein basaler TF der RNA-Pol2?{{c1::TF2H, TF2D}}
Published	04/14/2024	Welche Funktion haben die Kinasen bei der Rekrutierung des Pol-Komplexes?{{c1::Regulierung der katalytischen Untereinheit der RNA-Pol 2}}
Published	04/14/2024	Was versteht man unter dem TF2D?{{c1::basaler Transkribtionsfaktor->enthält das TATA-bindende Protein TBP}}
Published	04/14/2024	HAT steht für {{c1::Histon-Deacetylase}} und sorgt als {{c2::Cofaktor}} für die {{c1::Stimulierung die Transkription}}
Published	04/14/2024	Was sind TFIID und TFIIH? Woran bindet TFIID?{{c1::TFIID: basaler TF des RNA-Subkomplex D, bindet mit TATATFIIH: basaler TF des RNA-Subkomplex H}}
Published	04/14/2024	{{c1::Nucleosom remodeling}} beschreibt die {{c2::Verschiebung von Nucleosomen}}, dies ist {{c1::ATP-abhängig}}
Published	04/14/2024	Wie agieren ATP-verbrauchende Proteinkomplexe beim nucleosome remodeling?{{c1::-Lösen Protein-DNA-Wechselwirkungen-Lösen Protein-Protein-Wechselwirkun…
Published	04/14/2024	Das {{c1::Schlüssel-Schloss-Prinzip}} erklärt, wie {{c2::Enzyme}} spezifisch mit {{c2::Substraten}} interagieren können
Published	04/14/2024	Transkriptionsfaktoren müssen normalerweise {{c1::mehrere Domänen}} aufweisen, um spezifisch mit der {{c1::DNA}} interagieren zu können. Einzelne {{c1…
Published	04/14/2024	Gene werden durch {{c1::Kombination}} von Transkriptionsfaktoren reguliert, mit spricht von {{c1::Kooperativität}}
Published	04/14/2024	hnRNA steht für {{c1::hetero-nukleäre RNA}} und wird als Überbegriff für alle Arten von RNA verwendigt, bevor die {{c1::Transkription}} abgeschlossen …
Published	04/14/2024	Was sind Polymorphismen?{{c1::Veränderungen der DNA}}
Published	04/14/2024	Welche unterschiedlichen Beschaffenheiten/ Histon-Modifikationen wirken sich inhibierend auf die Genexpression aus ?{{c1::-Hohe Chromatindichte-Viele …
Published	04/14/2024	Was macht Topoisomerase 1?{{c1::Hydrolyse eines Einzelstrangs->Rotation des geschnittenen Strangs möglich}}
Published	04/14/2024	Durch Sequenz-spezifische DNA-Bindung wird die Anlagerung von {{c1::sequenz-spezifischen Transkriptionsfaktorren}} ermöglicht
Published	04/14/2024	Kommunikationsdomänen können grundsätzlich {{c1::positiv}} oder {{c1::negativ}} wirken
Published	04/14/2024	Warum interagiert DNA mit Lysinen der histone tails?{{c1::Lysin ist positiv geladen, DNA-Rückgrad negativ}}
Published	04/14/2024	TBP steht für {{c1::TATA-bindendes Protein}}
Published	04/14/2024	TAF steht für {{c1::TBP-assoziierter Faktor}}
Published	04/14/2024	Weche Schritte müssen allgemein eingegangen werden, damit die Polymerase aktiviert wird?{{c1::Bindung von TFs und Kofaktoren an die REHistonmodifizier…
Published	04/14/2024	Die {{c1::Phosphorylierungen}} der {{c2::C-terminalen Domänen}} regulieren die {{c1::RNA Prozessierung}} durch {{c1::chemische Komplementarität}}
Published	04/14/2024	Phosphorylierung am CTD sorgen für die Ausbildung eines {{c1::Poly-A-Schwanz}} und eines {{c1::5'-Cap-Struktur}}
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